第一集：
    迈克尔和林肯是一对手足兄弟，林肯被警方以谋杀副总统弟弟的罪名逮捕，并被判处一个月以后枪决的极刑。坚信布鲁斯是无辜的迈克尔，为了救出哥哥假装抢劫银行并被关入和布鲁斯同一个监狱服刑。
    进入监狱后，迈克尔一步步开始执行越狱计划。他探知林肯在监狱工厂劳作，为了接近林肯迈克尔向拥有人事调度权的狱友阿布鲁兹抛出橄榄枝，希望能够得到他的帮助但却被拒绝。迈克尔略施小计让阿布鲁兹知道自己的手段，两人大打出手引起骚乱。监狱长瓦登给予迈克尔单独监禁90天的处罚，迈克尔以替瓦登修复建筑模型为交换条件，全身而退。通过此事，阿布鲁兹开始对迈克尔有所忌惮，并将他调入监狱工厂。
    林肯的前女友维罗尼卡到监狱探视迈克尔，当迈克尔告诉她林肯是被人诬陷时，维罗尼卡深表怀疑。为了避免最后关头出现意外，副总统卡罗林派人暗杀了反对正在替林肯争取缓刑的主教，维罗尼卡这才意识到确实有人想置布鲁斯于死地，并着手调查幕后黑手。迈克尔与林肯顺利接头，他将自己的构想告诉哥哥，林肯认为越狱是异想天开，迈克尔将自己拥有监狱蓝图的事情和盘托出，林肯对获生重新燃起了希望。

第二集：
    经过多日堪察，迈克尔发现医疗室是整个监狱中看守最薄弱的地方，为了获得进入医疗室的机会，他要求狱友便条帮他搞到能防止胰岛素吸收的药物，以便以患上糖尿病为由出入医疗室。迈克尔按照纹身上的监狱构造图，在休息操场找到序列号为11121148的螺丝钉，就在他打算将螺丝钉旋出时，跟班众多的双性恋罪犯“背包”却将它从迈克尔手中抢走。
    维罗尼卡从朋友吉尔斯处获得了林肯现身凶案现场的证据，表面看来林肯的谋杀罪证完美得无懈可击。失望之极的维罗尼卡来到监狱告诉林肯不要说谎拖迈克尔下水。林肯告诉维罗尼卡当天他确实准备枪杀死者，不过当赶到现场时对方已经气绝身亡。另一方面维罗尼卡对林肯案件的关注也引起有关方面的注意，危险正逐步向她逼近。
    一日狱中种族冲突爆发，迈克尔趁乱从梅泰格手中夺回螺丝钉，混乱中将其刺死。迈克尔按照纹身中的提示将螺丝钉磨成螺丝刀，并以此作为工具旋开了洗浴设备的螺帽。在药物的帮助之下，迈克尔成功骗过莎拉医生获得了出入医疗室的资格，莎拉对此产生疑惑。迈克尔在回房途中，被阿布鲁兹一伙人拦下，为了从迈克尔口中挖出告密证人的下落，阿布鲁兹命人将迈克尔的脚趾剪下。

第三集：
    迈克尔被送往莎拉处接受治疗，为了不因小失大，迈克尔请求莎拉为她保密，莎拉同意。一日迈克尔告诉林肯阿布鲁兹和室友苏克雷是自己计划中的关键人物，布鲁斯认为两人根本不值得信任，迈克尔决定试探苏克雷。狱警怀疑迈克尔藏有手机，遂盘问苏克雷并以其女友为威胁，苏克雷迫于压力告发迈克尔，结果才发现所谓的手机只是肥皂刻成的模型。迈克尔告诉苏克雷自己打算越狱，希望他能够加入，但仅有一年多就可重见天日的苏克雷不愿意趟这趟混水，自动换到了另一间牢房，从神经病区调来的“汉瓦”成为迈克尔的新室友。
    维罗尼卡找到林肯凶手案的知情人兰迪卡，发现她正惊慌跑路。兰迪卡告诉维罗尼卡她感觉到已被人监控起来，维罗尼卡鼓励她将知道的事情和盘托出，但阿迪卡拒绝出庭作证，几日后阿迪卡被枪杀。“背包”为替美泰格报仇，准备刺杀迈克尔，就在准备动手时原本与他同一阵营的阿布鲁兹突然倒戈，帮迈克尔脱离险境。阿布鲁兹提出和迈克尔合作越狱的计划。特工局探员找到维罗尼卡，话语中暗藏杀机，为了替林肯沉冤昭雪维罗尼卡拒绝了男友的求婚，两人分手。

第四集：
    林肯梦见自己被绑上电椅，半夜吓出一身冷汗。“汉瓦”暗中将狱警派发给他的药物吐了出来，并对迈克尔身上的纹身产生了及其浓厚的兴趣。迈克尔告诉阿布鲁兹由于汉瓦晚上从来都不睡觉，因此他无法进行挖掘计划，却并未得到阿布鲁兹的谅解。迈克尔利用帮监狱长瓦登修复建筑物之便，向他暗示想调换室友，不过瓦登表示无法如果没有确实证据可证明他遭到暴力或者性侵犯，否则无法满足他的要求。瓦登向白兰克狱警施压，白兰克再度向迈克尔下毒手。
    苏克雷发现女友玛丽克鲁兹正渐渐的被追求者赫克托迷惑，赫克托更到监狱对苏克雷冷嘲热讽，让苏克雷越发暴躁不安，另一方面玛丽克鲁兹向苏克雷下最后通谍，表示自己无法等他16个月，苏克雷决定参与迈克尔的越狱计划。半夜汉瓦撕开迈克尔的衣服，称他的纹身是一个迷宫。迈克尔从储藏室赫阿布鲁兹处搞到有强烈腐蚀效果的化学药剂，并自己撞伤头部借机将汉瓦调出牢房，苏克雷重新搬了回来，在两人的精诚合作之下，打通了牢房与外界的第一道阻隔。不过迈克尔的越狱行动已被相关政要察觉，并计划将其调离福克斯河监狱。另一方面维罗尼卡向死案调查专门部门求助，尼克向他伸出援助之手，两人和林肯面谈后对于案情终于有所头绪。

第五集：
    监狱长瓦登受到威胁，被迫签署了将迈克尔转狱的调令。迈克尔、林肯、阿布鲁兹、苏克雷四人利用工作接触之便，开始讨论越狱的详细计划。瓦登来到牢房向迈克尔传达了转狱的命令，林肯再度陷入绝望之中，迈克尔鼓励他要坚守信念，不要放弃最后的希望。为了拖延转狱时间，买迈克尔向老狱友求助并得知只要他提出拒绝转狱的申请，就可获得至少一个月以上的缓冲时间，迈克尔看到一线转机。迈克尔发现牢房可以通向屋顶，遂要求阿布鲁兹搞到屋顶的钥匙。阿布鲁兹安排了一场不大不小的袭警事件，借机拿到了钥匙的采样。有关方面得知迈克尔拒绝转狱的风声后，继续向瓦登施压，瓦登无奈以有漏洞为由驳回了迈克尔的申请。在转狱当天迈克尔悲伤的注视着林肯的背影顿感无力，可在最后关头瓦登突然改变决定。
    另一方面，维罗尼卡和尼克找高手对林肯犯罪现场的录像带进行数据分析，发现枪声并非来自现场，这个突破性的发现让两人惊喜异常。不过该人却称除非看过母带，否则拒绝出庭作证。维罗尼卡和尼克到调研局申请母带获取令，却被告知由于发生漏水事故母带已被破坏。维罗尼卡回到家中，发现家中被人入侵，而私藏的录像带也被人窃取。　

第六集：
    晚上迈克尔照例进行着通向外界的挖掘计划，突然监狱察房而迈克尔却仍未返回，苏克雷以枕头伪装迈克尔熟睡状企图蒙混过关。狱警发现情况有异打算进入牢房检查，迈克尔及时返回度过险境。迈克尔告诉苏克雷由于察房干扰，他无法获得足够多的时间挖掘，苏克雷为他出谋划策。迈克尔潜入电机房破坏了冷气设备，整个监狱闷热不堪，犯人们情绪暴躁，为了防止暴动发生监狱实行紧急戒严，迈克尔终于获得了他想要的长时间独处的机会。在勘察中迈克尔发现只要他们能进入医疗室就能越狱出去，而通往医疗室的唯一障碍就是一堵墙。同时暴动逐渐升级，犯人控制了监狱多处地方，被押解回房的林肯遭遇背包，而莎拉也面临犯人的攻击。通过监视系统，迈克尔看到莎拉身处险境，他决定制止这场因自己而引发的暴乱。
    同时录像带的被盗让维罗尼卡对尼克的身份产生了怀疑，在她将尼克排除于计划之外的同时，却发现尼克已抢先一步到监狱探视林肯。尼克告诉维罗尼卡他通过调查发现当晚举报林肯身染鲜血出现在案发现场的电话来自华盛顿，换而言之举报人根本就不可能目睹现场情况。维罗尼卡和尼克决定前往华盛顿。

第七集：
    有关方面买通监狱犯人特克企图私下解决林肯。在混乱中特克以帮助林肯找寻迈克尔为名，将其带到别处并暗下毒手，林肯机警躲过一劫。背包在混乱中发现迈克尔挖的通道大惊不已，阿布鲁兹警告他严守口风。苏克雷按照迈克尔的吩咐继续墙壁的打通工作，利用物理学原理成功在墙上打出一个大洞，苏克雷和阿布鲁兹惊喜狂笑。犯人们用各种方式欲冲进莎拉藏身的小屋，眼看最后的防线就将突破，莎拉危在旦夕之际，迈克尔适时赶到将她救出重围。不过险情却依旧未能解除，犯人们发现两人躲在通风夹层中，对两人亡命追击。迈克尔将莎拉带到安全处，自己重新返回监狱。林肯在人群中找到迈克尔，两人紧紧拥抱在一起。而背包也不顾迈克尔等人的劝阻，杀害了狱警鲍勃，这场暴乱事件总算趋于平静。脱险后的莎拉回想起迈克尔营救自己的整个过程，就他对监狱结构了如指掌一事产生怀疑。
    维罗尼卡和尼克来到华盛顿，通过电视得知监狱发生的情况，尼克提醒维罗尼卡应以调查任务为重。通过调查两人发现被害人斯迪姆的能源计划损及石油业相关方的利益，而此时维罗尼卡在街头接到匿名电话，威胁两人管得太宽死期将至。

第八集：
    越狱计划顺利推进，迈克尔让阿布鲁兹利用关系进入储藏室以便在其中挖开通往医疗室的通道。背包察觉他们的越狱计划，宣称如果不带上自己就会揭发出来，阿布鲁兹坚决反对他的加入。维罗尼卡和尼克从华盛顿返回，在钥匙插入大门的瞬间发生突然爆炸，两人死里逃生，尼克身受轻伤。尼克向维罗尼卡提议暂时到外地避避风头，并表示这场阴谋的幕后策划人的势力显然已控制了执法机构。而对方以为他们已在爆破中丧身，这是保全实力的唯一办法，维罗尼卡同意。
    迈克尔等人混入目标储藏室，却发现那里已成为狱警的休息室，计划遇到阻碍。林肯发现表现良好的维斯特莫兰是唯一可以进入该休息室的犯人，迈克尔决定从他开始入手。鲍勃的死让狱警们异常震怒，发誓就算翻遍监狱也要找出真凶。迈克尔担心在严密的搜查中 他们所挖的通道将被发现，背包成为身边一颗随时都会爆炸的定时炸弹。白兰克企图引诱维斯特莫兰说出杀害鲍勃的真凶，但却被拒绝。白兰克将维斯特莫兰最心爱的猫杀死，把他彻底推到了迈克尔的阵营，他决定帮助迈克尔放火，几人以清理现场为由进入储藏室。
    LJ到监狱探望父亲林肯，林肯向儿子坦白他在被捕时确实正在从事非法活动，但并没有杀人。一日有不明人士探视林肯，并威胁他如果乱说话LJ将会有危险，林肯愤怒不已。秘密探员闯入LJ家，为掩护儿子逃走母亲继父都惨遭毒手，慌乱逃跑中的LJ突然接到电话，对方告知如果不合作，他将会成为现行杀人犯遭到警方通缉。

第九集：
    林肯请求瓦登给予特许令，让他可以找寻儿子下落，但遭到瓦登拒绝。吉米不甘受背包性侵犯，向迈克尔伸出求助之手。迈克尔为了不节外生枝决定视而不见，不堪其辱的吉米跳楼自杀，迈克尔深感自责。迈克尔等人为了不留下挖掘地洞的证据，在休息时悄悄的将泥土倾倒出来，他们的一举一动引起了另一名囚犯便条的注意。
    新入狱的雏鸟图纳成为背包新的猎取目标，不忍悲剧再度重演的迈克尔决定不再坐视不理。由于迟迟无法找出证人的下落，阿布鲁兹在监狱多年来竖立起的威信首次被动摇。黑帮指定同室的格斯取代他的位置，同时停止了由他孝敬给狱警的月供，阿布鲁兹不再是监狱的地下统治者，整理储藏室的美差落入格斯之手。
    迈克尔等在储藏室挖洞途中，突然被狱警驱逐以便与一女职员调情，地洞的秘密差点暴露，迈克尔等人在外心惊胆战的目送两人离开。林肯说动狱警允许他给儿子LJ打电话，林肯告诉LJ迅速与尼克联系，但话音未落秘密探员已发现LJ行踪，所幸LJ趁乱逃脱。维罗尼卡和尼克决定冒险出山继续察访真相，尼克建议可以从被害人斯迪姆的遗孀入手，并猜测他生前最大的敌人应该就是幕后真凶。LJ与尼克联系，密探通过窃听系统获知尼克和维罗尼卡尚在人间的消息，维罗尼卡通过短信通知LJ电话被窃听一事，LJ聪明的摔开警察，与维罗尼卡汇合。

第十集：
    格斯等人进入储藏室让迈克尔陷入险境，阿布鲁兹督促迈克尔尽快找到证人斐波纳西的下落，以证明自己对黑手党头子法区仍有利用价值，以重新夺回对监狱的控制权。格斯等人为储藏室翻修地板的工程已近在眼前，地洞的秘密眼看就要暴露迈克尔内心深感矛盾，他不确定牺牲一条无辜的生命换回哥哥一命的行为是否正确。迈克尔让阿布鲁兹替自己约见法西，法西同意一见。迈克尔本想以斐波纳西的下落换取20万美元，不料阿布鲁兹以维罗尼卡的安全做威胁，迈克尔无奈之下只能无条件的向法区和盘托出斐波纳西的下落，而阿布鲁兹也重新赢得了监狱的掌控权。
    副总统卡罗林对于黑尔等密探的表现相当失望，派出奎因监督他们的行动。克勒曼当面斥责卡罗林不应该让奎因插手迪斯曼事件，并称他们所代表的势力甚至超出白宫的管辖范围。法区率人到加拿大枪杀斐波纳西，没想到却遭遇警方伏击，法区成丧家之犬。奎因找到维罗尼卡未婚夫，告诉他维罗尼卡身处险境十分危险。不知是陷阱的赛巴斯蒂安通过网络与维罗尼卡取得联系，随后即被奎因杀害。通过网络工具奎因追踪到维罗尼卡的下落。
    迈克尔等正在挖洞途中，狱警突然带便条进来，便条自称是他们的一员，并站在洞的位置向迈克尔做出暗示，迈克尔无奈只能接纳他的入伙，越狱成员规模进一步扩大。

第十一集：
    尼克和维罗尼卡通过调查，发现副总统卡罗林通过权力从能源计划中挪用巨额资金，用于总统竞选，这也是卡罗林要将林肯置于死地的真正原因。奎因找到尼克等藏匿之所，他伪装成受伤的路人骗尼克为其开门，并开枪打伤尼克。奎因告诉维罗尼卡如果不说出他们对案情的了解情况，尼克将因失血过多而丧命。维罗尼卡趁奎因不备逃脱绳索束缚，在三人准备逃脱时被奎因发现，关键时刻LJ将奎因推入陷阱中，三人顺利逃脱。
    一日迈克尔突然被通知有一名自称为迈克尔夫人的女士探视，她正是迈克尔的友人尼卡，尼卡为迈克尔带来了他所想要的“信用卡”，莎拉目睹迈克尔与尼卡亲密吻别的一幕，内心感觉微妙。维斯特莫兰从瓦登处得知唯一的女儿得了食道癌不久将别于人世，尽管女儿想见维斯特莫兰最后一面，但他却无法得到特赦令，绝望之下维斯特莫兰下定决心加入越狱队伍。迈克尔计划中的一个重要工具金表被狱警私吞，迈克尔拜托维斯特莫兰的室友略施小计偷回金表，计划顺利推进中。
    尼卡似曾相识的容貌让白兰克对她的身份产生怀疑。白兰克在某酒吧找到正在伴舞的尼卡，并以揭发她黑市户口为要挟，尼卡被迫无奈只能说出帮迈克尔带信用卡的事情。对迈克尔的感情以及他迷一样的身份让莎拉困扰不已，她毅然选择斩断情丝，望着莎拉离去的背影迈克尔有口难言。

第十二集：
    迈克尔计算出他们越狱的总时间仅有18分钟，这意味着现在的7人中必须有一人退出，众人将目标指向了背包。不料背包料到他可能被踢出局，早已做好防备。他告诉迈克尔已将全部计划告诉外面的朋友，如果在动手前5分钟结束后20分钟未得到他的回音，就会揭发整个计划。阿布鲁兹通过电话纪录查到接应背包的人正是他的堂兄杰姆士，为了免除后患，阿布鲁兹派人将杰姆士杀死，在行动中误杀一名小男孩，阿布鲁兹对此深感愧疚。有一人必须出局的现状在越狱小组内部引起恐慌，为了不让自己成为弃儿，便条企图拉拢苏克雷。他告诉苏克雷在整个行动中只有阿布鲁兹和维斯特莫兰才是迈克尔需要的帮手，其他人都是累赘，苏克雷对迈克尔的信任开始动摇。
    一切都在迈克尔的掌握中顺利进行，现在从储藏室进入医疗室的唯一障碍就是如何爬上20多米高的通气管道，迈克尔利用水位巧妙的将问题解决。阿布鲁兹企图杀掉背包，但在背包的苦苦哀求之下心软决定放他一条生路，谁知当阿布鲁兹转身时背包趁机拿出刀片划向阿布鲁兹的颈部，阿布鲁兹倒在血泊中。另一方面迈克尔潜入秘道进行计划时，狱警突然赶到，为了拖延时间林肯对狱警大打出手，迈克尔安然无恙，但只剩下36个小时就要被送上电椅的林肯却因此被监禁起来。

第十三集：
    除迈克尔以外，其他四人都执意要在当晚实施越狱计划，不愿意抛下林肯独自逃脱的迈克尔被孤立起来。迈克尔权衡之下同意众人的意见，并决定做最后一搏。迈克尔拜托神父将一条项链交给林肯，声称是母亲的遗物其实内藏玄机。为了拖延在储藏室逗留的时间，迈克尔砸破了水管，如愿以偿的获得了整晚待在储藏室内整理的许可。林肯死刑执行在即，维罗尼卡前往监狱见他最后一面，并在媒体前为林肯喊冤，卡罗林彻底被激怒，下令让人除掉维罗尼卡。
    林肯按照迈克尔项链里给予的指示，在8点10分服下了藏匿的药物。瞬间药物发作，痛苦难当的林肯被送往医疗室。9点迈克尔等人正式执行越狱计划，他们通过储藏室的地洞爬向医疗室的下层房间。可抵达时迈克尔才发现原来事先腐蚀掉的通道已经换成新的，且坚不可摧，几人陷入绝望之中。密探黑尼良心发现决定向维罗尼卡吐露真相，黑尼约维罗尼卡出来见面并告诉她林肯确实被人诬陷，而所谓的死者斯迪姆其实尚在人间，他已将所有涉案人员的名字都记录在纸上。正当黑尼打算将名单交给维罗尼卡时，其上司保罗赶到，为了保护维罗尼卡黑尼被保罗枪击。

第十四集：
    就在迈克尔等人为管道被换而心急如焚时，狱警听到动劲赶来。现场脱落的钢管让他产生怀疑，遂出外召集帮手察看，为形势所迫迈克尔等人只能按原路返回。离林肯行刑只剩下最后的十六个小时，迈克尔从维斯特莫兰处得知，如果行刑时电椅出现故障，就可为林肯多争取三个礼拜的时间。迈克尔白天冒险爬进地道，巧妙的利用老鼠将电源破坏。不料该行动却被狱友特维纳透露给白兰克，白兰克找人抢修电缆，当白兰克得意洋洋的出现在迈克尔跟前时，他知道一切都结束了。
    迈克尔请求莎拉向担任州长的父亲为林肯求情，莎拉表示父亲和她是两条平行线，自己无法影响他的决定，迈克尔悲伤的看着林肯被带出医疗室。另一方面维罗尼卡和尼克仍争取最后的机会为林肯上诉，虽然法官接纳了两人的申请，但却在最后时刻驳回。莎拉听从迈克尔意见找到维罗尼卡了解了整个案情，并将案件的疑点整理交于父亲，恳请他能够花点时间了解此案。
    行刑时间转眼即到，林肯悲痛的与迈克尔维罗尼卡拥别，正当踏入刑房时，瓦登突然接到州长的电话，众人希望重燃。无奈州长早已被副总统卡罗林的权势所挟制，表示将遵从原判，林肯绝望的走向电椅。

第十五集：
    在行刑前的最后一刻，电话再度响起。迈克尔和维罗尼卡望着黑幕紧掩的窗户，无比悲痛。不料林肯却随着瓦登活生生的站在他们面前。原来凯瑟法官收到一份匿名资料，在资料中注明死者在十二岁时曾动过阑尾手术，而死者成年后的健康检查报告却无该项纪录。案情出现重大转机，林肯的行刑将推迟两个礼拜进行。林肯告诉迈克尔他在行刑前看到了失踪三十年的父亲，可迈克尔难以相信。
    维罗尼卡和尼克开始着手开棺验尸，而卡罗林也通过传媒舆论向法官施压。由于尸体已经全面腐烂，只能通过牙齿结构判定死者是否就是卡罗林之弟泰伦斯，摄于卡罗林的威势，验尸官做出了完全一致的判断，一线生机又再度破灭。
    不愿意坐以待毙的迈克尔又开始实施全新的越狱计划。此次迈克尔想通过精神病人区进入医疗室，这就意味着他们将有一半的路程是在地面上行走，此举几乎可等同于自杀。为了开辟新的越狱路线，在苏克雷的帮助下，迈克尔搞到一套狱警服，并在夜间通过地道口爬出地面，堂而皇之的进入精神病区。在返回的途中，迈克尔与狱警相遇，虽然躲过一劫，但背部却被严重烫伤。迈克尔被送到莎拉处接受治疗，莎拉对迈克尔皮肤中留下的衣服纤维产生怀疑，对此迈克尔避而不答。而最要命的是，绘有精神病区地下结构蓝图的部分正好被烫伤，迈克尔失去了耐以逃亡的路线指示。　

第十六集：
    时间回溯到三年前，故事的主人公们在不同的位置朝着同一个方向逼近着。
    林肯因欠下9万美元的债务无力偿还，而被迫成为雇佣杀手。在动手前他致电迈克尔想向他讨个主意，但对于哥哥的自甘堕落早就深感失望的迈克尔拒听了他的电话，林肯赶到指定地点发现欲下手对象已中枪气绝身亡，林肯最终被警方抓获。迈克尔对林肯事件的冷漠态度让维罗尼卡忍不住向他吐露实情，原来在母亲逝世后并没有所谓的保险金遗留下来，而迈克尔分到的赡养费正是林肯借来的。哥哥对自己的恩情让迈克尔对林肯有了重新认识，他开始相信林肯被人诬陷，并着手调查此事。迈克尔得知林肯即将被押往福克斯河监狱接受死刑，而他所在公司却正好拥有该监狱的结构蓝图，越狱计划开始在迈克尔脑海中出现雏形。
    几乎在同一时间：
    苏克雷在街头邂逅心爱的女孩玛丽克鲁兹，为购买结婚戒指向玛丽克鲁兹求婚，苏克雷持枪打劫一家便利店被警方抓获锒铛入狱。莎拉虽然身为医生，但枯燥的生活让她厌倦不堪，长期靠注射毒品维持生存动力。直到一天她眼睁睁的看着一名伤者倒在面前，而自己却因毒瘾发作无能为力时，如挨当头一棒般被唤醒了，莎拉开始积极戒毒并立志要帮助劣势人群。彼时便条还是一名守卫前线的军官，因目睹军队对战俘惨无人道的虐待场面，决定揭发真相而被部队除名。为了生存他偷运私货最终成为阶下囚。那时的背包带着一脸和蔼温暖的笑容进入了一个家庭，如同任何普通男人般扮演着慈父和好丈夫的角色，直到有一天女主人苏拉在电视上发现这个脉脉温情的男人竟然是背负六条人命的通缉要犯，在铁栏后背包再次被邪恶附身，并咬牙切齿的表示将会让苏拉尝到背叛的恶果。

第十七集：
    自烫伤事件后，迈克尔试图凭着记忆还原被烫掉的蓝图，但难度巨大。莎拉将迈克尔背部有狱警衣物纤维一事报告给瓦登，瓦登找迈克尔谈话，希望他能给自己一个合理解释，迈克尔闭口不答被关禁闭。为了监视迈克尔等人的动向，白兰克将米勒安插入储藏室工作，并告诉苏克雷等人储藏室的活以后会请专人打理，他们不久将撤离储藏室，这个消息让苏克雷等人慌乱不已。为了掩盖地洞的秘密，苏克雷冒险深夜从牢房爬出，将地洞用水泥填补起来，然后走出室外被狱警抓获。白兰克对苏克雷的诡异行为大感疑惑并对他严加审问，苏克雷按先前所计划好的声称是为了等狱外的朋友给自己送女友的内裤，所以在下午收工时趁乱留在了外面，白兰克将信将疑的把他关进了单独禁闭室。同时米勒向白兰克告密储藏室地板有异，当白兰克气急败坏的赶到现场时，看到的已是经过苏克雷修复如初后的景象了。
    迈克尔被关紧闭后，突然一反常态的目光呆滞不声不响。苏克雷向狱警通报找来莎拉，莎拉诊断迈克尔因压力过大导致精神崩溃，而将他送入了精神病员区。不过当迈克尔一进入精神病员区立刻目光炯炯判若两人，原来迈克尔装病是为了接近对他的纹身特别留意的前室友汉瓦，以便借助他的记忆复原烫坏的蓝图部分。另一方面，维罗尼卡等人返回当初藏匿的小屋，发现奎因死在陷阱中，LJ将从他身上发现的线索偷偷的藏了起来。

第十八集：
    迈克尔努力启发“铁丝”，希望借助他的记忆复原被烫毁的部分管道图。“铁丝”慢慢想起以前的事，迈克尔教他用催吐法躲过了每天必服的镇静药。
    迈克尔留在精神病区，苏克雷关在禁闭室，贝里克和高里决定“拍卖”他们的囚室捞取好处。一个犯人愿以200美元的价格搬入，高里答应24小时内找人修好漏水的马桶，“背包”听见他们的话，赶紧去找维斯特莫兰和“便条”商量对策，他们决定不惜一切代价买下入住权，贪婪的高里把价码提高到500元。
    林肯得知儿子利杰被捕后，坚持要亲自劝说儿子听从维罗妮卡的安排，她答应替他申请。雄风不再的“便条”不但没弄到钱，反而遭到另一帮黑人的暴打，“背包”表示他可以通过赌搏赚钱。“铁丝”想起了地图，也想起迈克尔陷害他的事，迈克尔答应越狱时带他一起走。洗衣房的曼奇看见迈克尔背部的伤口，联想到苏克雷归还的警服。
    在一家电器商店，一名男子叫尼克“萨维恩”，并提醒他不要忘了自己的职责，随时保持联系。坎勒曼告诉副总统，林肯的死刑计划遭到他父亲的出面干预，副总统决定瞒过公司，继续解决掉林肯。
    “背包”和“便条”在牌桌上大获全胜，可是高里又把价格涨到700，得到维斯特莫兰的怀表后，他卑鄙地出尔反尔，“便条”等人七窍生烟却无可奈何，得知越狱计划的曼奇表示他有办法让迈克尔回到囚室。林肯获准去见利杰，波普告诫他不要节外生枝，林肯保证他不会惹事生非。
    迈克尔告诉典狱长波普，背上的烫伤是高里勒索未果后留下的，波普将信将疑，亲自搜查高里的衣柜，找到了一卷钞票和怀表及烫坏的警服，高里终于恶有恶报，被赶出监狱。迈克尔重新回到阔别的囚室。
    运送林肯的警车在半路上被一辆巨型卡车撞翻，车内的人生死未卜。

第十九集：
    翻车后林肯被甩出车外，头破血流，多处受伤。特工坎勒曼驾车出现，准备捂死无力反抗的他。另一个男人出其不意地打晕坎勒曼，拖走了林肯。
    苏克雷被放出禁闭室，越狱小组重新聚首，迈克尔告诉他们医生办公室是他们出逃的必经之路，一定要拿到房门钥匙。这时约翰-阿布兹伤愈归来，一副虔诚信徒模样的他告诉迈克尔仍然愿为越狱提供飞机。
    贝里克说服波普向上瞒住林肯失踪的事，自行展开追踪。昏迷不醒的林肯被神秘男人带到废旧车处理场藏起。
    医务室里迈克尔出其不意吻了萨拉，但面对她的质询，他始终无法下手偷得钥匙。醒来的林肯认出了眼前的男人正是他的父亲。父亲告诉林肯，自己为掌握国家大权的“公司”工作，他们为了阻止他离开，故意陷害林肯。维罗妮卡查阅了奎因的通话纪录，对蒙大那的一个号码产生怀疑。
    阿布兹来找“背包”，表示愿意勾销“刀片割喉”的旧帐，“背包”将信将疑，充满戒备。图纳不堪忍受同室犯人Avocado的性侵害，用刀片将其划伤。妮卡和萨拉在餐厅谈话，下手偷走了她的钥匙，趁探监时交给了迈克尔。
    林肯和父亲的谈话中泄露了“公司”更多的内幕，父亲表示将会和他一起拨乱反正，两人打算离开时，坎勒曼和警察闻讯而至，包围了旧车场。坎勒曼发现林肯，正欲对他动手，林肯向贝里克自首，父亲悄悄离开。
    萨拉发现钥匙不见了，很快怀疑到迈克尔身上，当着他的面，她要工人换掉了门锁。林肯被押回监狱，波普命人24小时监视他。图纳为保命，向贝里克告发迈克尔等人的越狱计划，震惊的贝里克砸开警卫室的地面，发现了洞口。

第二十集：
    贝里克发现迈克尔等人挖的地洞惊骇不已，猝不及防间突遭威斯特莫兰的袭击，一番打斗后他被捆住扔进地道，受伤的威斯特莫兰告诉迈克尔，必须在今晚警卫发现贝里克失踪前逃走。迈克尔立刻布置下任务，各人分头行动，如何把24小时受到监控的林肯弄出来成了最大的障碍。
    迈克尔向萨拉坦白越狱计划，请求她帮一个小忙，下班时别锁办公室的门。萨拉无法说服自己告发迈克尔，矛盾不已、进退两难的她，提前离开办公室作为逃避。副总统办事不力，遭到幕后支持者的斥责和威胁。
    阿布兹打电话通知狱外同伙准备好飞机，并透露只有三个人能成功逃脱。
    维罗妮卡查出蒙大拿神秘电话的地址与泰伦斯的公司有关，卡准备亲自去一趟，尼克同时接到阿布兹的电话指令。贝里克恢复意识后，拼命想挣脱绳索和胶带。
    众人得知图纳也要和他们一起越狱表示强烈反对，但面对迈克尔坚决的态度只得作罢，“便条”把“背包”的刀子交给迈克尔，提醒他注意“背包”和阿布兹。迈克尔从泰姬陵上偷拿下一块支柱，他得到波普的许可在禁闭室看望林肯，发现林肯被锁在墙壁上，寸步难行。
    萨拉从电视上得知父亲有望成为副总统的竞选人，而他对林肯死刑的坚决态度也被特别提到。
    迈克尔要苏克雷用“便条”偷来过氧化物漂洗蓝色的囚服。毫无逃跑打算的图纳得知室友Avocado当晚要回来，终于下定了决心，开始做准备。各人怀着不同的目的，紧张等待最后时刻的来临。
    尼克终于现出本出面目，把枪口对准正要出门的维罗妮卡，如梦方醒的她痛骂他是懦夫。
    波普打算送给妻子作礼物的泰姬陵突然倒塌，他立刻召人去找迈克尔，这时警卫向他报告，贝里克失踪了。波普的办公室里，迈克尔拔出小刀，告诉波普他要越狱，而且带着林肯一起走。

第22集：
    监狱高墙上探照灯全部亮起，曼奇被迫供出逃跑人员名单，得知他们越狱成功，其他犯人欢声雷动，大肆庆祝。
    贝里克被救出后，立刻率领人马杀气腾腾地开始追踪越狱者。狱长波普着手调查，他怀疑出了内奸。维罗妮卡到达蒙大拿，驱车前往查到的电话地址。
    越狱一行人找到阿布兹派人安排的汽车前，略施小计，扔下“铁丝”扬长而去。阿布兹在车上要对付“背包”，他却早有预防，把自己和迈克尔铐在一起，并吞下钥匙，阿布兹投鼠忌器，只得暂时放过他。为了绕过警方检查，车子陷在泥地里动弹不得，他们只能弃车行而，迈克尔赶走了图纳。同时，贝里克发现了停车的地方和图纳的手印。在波普的追问下，凯蒂最终说出萨拉对迈克尔有好感。
    迈克尔等人躲过了直升机的搜寻，来到一处农家小屋，发现这里有汽车却没有
    发动机。铁丝“借走”了一辆自行车继续逃亡。贝里克找到丢弃的汽车，很有把握他们没走远。等候阿布兹的飞机引起了管理员的怀疑，叫人查询其底细。
    苏克雷等人按倒“背包”，想剪开手铐未果，阿布兹操起斧子，砍断了“背包”的手，其他人目瞪口呆，越狱小组又甩掉一人。公司决定用一种毒药除掉成为障碍的副总统，总统却意外身亡，副总统大难不死，顺理成章接替他登上宝座。芝加哥警察破门进入萨拉家，发现她注射了过量吗啡，倒在沙发上人事不省。维罗妮卡摸进房子，出现在被林肯“杀死”的泰伦斯面前。
    剩下的五人突破警方防线，向飞机奔去，快到跟前时，等不及的飞机终于起飞，从他们头上呼啸着掠过。发现踪迹的警车正向他们飞驰而来，五人只能继续奔向夜色茫茫的旷野。